Eclipse má nativně podporu jen pro CVS, pro Subversion musíte nainstalovat plugin Subclipse (http://subclipse.tigris.org) nebo Subversive (http://www.eclipse.org/subversive/), který používá například Zend Studio for Eclipse.
Po delší zkušenosti s Zend Studiem doporučuji všem spíše Subversive.
