Stukturu repozitory lze jen doporučit, obvyklá struktura je:

/project_name
     /trunk
     /tags
     /branches

Sturuktura může samozřejmě obsahovat i další adresáře např. vendors pro kód, třetí strany nezbytný k projektu. Existují samozřejmě další možnosti v literatuře se uvádí např.

/trunk
  /project_1
  /project_2
/tags
  /project_1
  /project_2
/branches
  /project_1
  /project_2

Případně pokud například máte hosting, kde máte povolené jedno repozitory můžete použít např. tuto strukturu:

/repository-name
      /project-name
          /trunk
          /tags
          /branches
      /project-name-second
          /trunk
          /tags
          /branches

Podobná struktura se také uplatňuje dobře pokud máte hodně sepárátních, ale malých zdrojových kódů. Např. nějaké úpravy dle zákazníků nebo konfigurace dle domény.